श्री राम जन्मभूमि ट्रस्ट के कोषाध्यक्ष गोविंद देव गिरि महाराज ने दावा किया है कि मुस्लिम समुदाय द्वारा ज्ञानवापी और मथुरा मस्जिदों को 'मुक्त' करने से धार्मिक स्थलों पर यह चर्चा खत्म हो जाएगी। उन्होंने आग्रह किया कि यदि ज्ञानवापी और कृष्ण जन्मभूमि के आसपास के मुद्दों को शांतिपूर्ण ढंग से हल किया जाता है, तो हिंदू समुदाय अन्य धार्मिक स्थलों पर दावा नहीं करेगा।
पुणे में एक कार्यक्रम के दौरान गोविंद देव गिरि महाराज ने कथित तौर पर कहा, "अगर तीन मंदिर मुक्त हो गए तो हमें दूसरे मंदिरों की ओर देखने की भी इच्छा नहीं है क्योंकि हमें भविष्य में रहना है, अतीत में नहीं। देश का भविष्य अच्छा होना चाहिए।" और अगर हमें ये तीन मंदिर (अयोध्या, ज्ञानवापी और कृष्ण जन्मभूमि) शांति से मिल गए, तो हम बाकी सभी चीजें भूल जाएंगे।”
रिपोर्ट्स के मुताबिक, उन्होंने कहा कि अयोध्या, ज्ञानवापी और मथुरा में मंदिरों का विनाश पिछले आक्रमणों के सबसे महत्वपूर्ण घावों का प्रतिनिधित्व करता है, और मुस्लिम समुदाय को इस ऐतिहासिक दर्द के साथ सहानुभूति रखने की जरूरत है। उन्होंने कहा, "मैं इन तीनों मंदिरों (अयोध्या, ज्ञानवापी और कृष्ण जन्मभूमि) के बारे में हाथ जोड़कर अपील करता हूं... क्योंकि ये आक्रमणकारियों द्वारा किए गए हमलों के सबसे बड़े निशान हैं। लोग दर्द में हैं, क्या वे (मुस्लिम पक्ष) इस दर्द को ठीक कर सकते हैं शांति से रहें तो भाईचारा बढ़ाने में मदद मिलेगी।"
हिंदू पक्ष का आरोप है कि ज्ञानवापी और मथुरा मस्जिदों का निर्माण मुगलों ने महत्वपूर्ण हिंदू मंदिरों को नष्ट करने के बाद किया था। हाल ही में, हिंदू वादियों ने दावा किया कि एएसआई सर्वेक्षण रिपोर्ट से संकेत मिलता है कि ज्ञानवापी मस्जिद एक भव्य हिंदू मंदिर के अवशेषों पर बनाई गई थी।
इसके बाद, वाराणसी की एक अदालत ने ज्ञानवापी मस्जिद के एक तहखाने के अंदर पूजा की अनुमति दे दी। इसके बाद इलाहाबाद उच्च न्यायालय ने वाराणसी अदालत के आदेश पर लगी रोक को खारिज कर दिया। ज्ञानवापी मस्जिद वाराणसी में काशी विश्वनाथ मंदिर के बगल में स्थित है, जबकि मथुरा मस्जिद कृष्ण जन्मभूमि मंदिर के बगल में स्थित है।
वाराणसी अदालत का आदेश आने पर श्री राम जन्मभूमि तीर्थ क्षेत्र के मुख्य पुजारी आचार्य सत्येन्द्र दास ने कहा कि 'एक गलती को सुधार लिया गया'। उन्होंने कथित तौर पर कहा, "आदेश दिया गया है कि वहां प्रार्थना की जाती थी और उसे जारी रखा जाना चाहिए। यह अच्छा है कि 'पूजा' करने का अधिकार दिया गया है। सच्चाई सामने आ गई है। जिन लोगों ने पूजा रोकी और जिस तरह से पूजा की गई रोका गया, गलत था... मुझे पूजा करने का अधिकार देने के लिए मैं अदालत को धन्यवाद देता हूं। यह खुशी की बात है... पूजा रोकना गलत था, लेकिन अब गलती सुधार ली गई है।''