ऑल इंडिया मजलिस-ए-इत्तेहादुल मुस्लिमीन (एआईएमआईएम) प्रमुख और लोकसभा सांसद असदुद्दीन ओवैसी ने गुरुवार को मुंबई की विशेष एनआईए अदालत द्वारा 2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में 7 आरोपियों को बरी करने के फैसले की आलोचना की, फैसले को "निराशाजनक" कहा और पूछा कि क्या महाराष्ट्र सरकार इस फैसले को चुनौती देगी जैसे उन्होंने 2006 के मुंबई विस्फोटों के लिए किया था।
उन्होंने प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी के नेतृत्व वाली केंद्र सरकार पर "एक आतंकवाद के आरोपी को संसद सदस्य बनाने" के लिए निशाना साधते हुए एजेंसियों की "दोषपूर्ण जांच" के लिए जवाबदेही की मांग की।
ओवैसी ने एक्स पर लिखा, "मालेगांव विस्फोट मामले का फैसला निराशाजनक है। विस्फोट में छह नमाजी मारे गए और लगभग 100 घायल हुए। उन्हें उनके धर्म के कारण निशाना बनाया गया। जानबूझकर की गई घटिया जांच/अभियोजन पक्ष को बरी कर दिया गया।"
ओवैसी की पोस्ट में पांच बिंदुओं का विस्तृत उल्लेख किया गया है, जिसमें उन्होंने एजेंसियों की "घटिया" जांच को दोषी ठहराया, पूछा कि क्या राज्य सरकार फैसले के खिलाफ अपील करेगी, तथा अन्य बातों के अलावा, पूर्व अभियोजक रोहिणी सालियान को आरोपियों के प्रति "नरम" रुख अपनाने के निर्देश पर सवाल उठाया।
उन्होंने पोस्ट में कहा, "विस्फोट के 17 साल बाद, अदालत ने सबूतों के अभाव में सभी आरोपियों को बरी कर दिया है। क्या मोदी और फडणवीस सरकारें इस फैसले के खिलाफ अपील करेंगी, जिस तरह उन्होंने मुंबई ट्रेन विस्फोटों में आरोपियों को बरी करने के फैसले पर रोक लगाने की मांग की थी? क्या महाराष्ट्र के "धर्मनिरपेक्ष" राजनीतिक दल जवाबदेही की मांग करेंगे? उन छह लोगों की हत्या किसने की?"
पूर्व एटीएस प्रमुख हेमंत करकरे, जिन्होंने 2008 के मालेगांव विस्फोट की जांच का नेतृत्व किया था, लेकिन 26/11 के हमलों के दौरान पाकिस्तानी आतंकवादियों द्वारा गोली मारकर हत्या कर दी गई थी, के बारे में बात करते हुए, ओवैसी ने कहा, "करकरे ने मालेगांव में साजिश का पर्दाफाश किया था और दुर्भाग्य से 26/11 के हमलों में पाकिस्तानी आतंकवादियों द्वारा उनकी हत्या कर दी गई थी। भाजपा सांसद ने सार्वजनिक रूप से कहा कि उन्होंने करकरे को श्राप दिया था और उनकी मृत्यु उसी श्राप का परिणाम थी। ओवैसी ने कहा "क्या एनआईए/एटीएस अधिकारियों को उनकी दोषपूर्ण जाँच के लिए जवाबदेह ठहराया जाएगा? मुझे लगता है कि हमें इसका जवाब पता है। यह "आतंकवाद पर सख़्त" मोदी सरकार है। दुनिया याद रखेगी कि इसने एक आतंकवाद के आरोपी को सांसद बनाया था।"
गुरुवार को अदालत ने 2008 के मालेगांव बम धमाकों में शामिल सभी सात आरोपियों को बरी कर दिया। अदालत ने कहा कि अभियोजन पक्ष मामले को संदेह से परे साबित करने में विफल रहा। एनआईए अदालत ने महाराष्ट्र सरकार को पीड़ितों के परिवारों को 2-2 लाख रुपये और घायलों को 50-50 हज़ार रुपये का मुआवज़ा देने का भी आदेश दिया है।पीड़ित परिवारों का प्रतिनिधित्व करने वाले वकील ने कहा कि वह सात लोगों को बरी किये जाने के फैसले को उच्च न्यायालय में चुनौती देंगे।
29 सितंबर 2008 को, मालेगांव शहर के भिक्कू चौक स्थित एक मस्जिद के पास एक मोटरसाइकिल पर बंधे विस्फोटक उपकरण में विस्फोट होने से छह लोग मारे गए और 95 अन्य घायल हो गए। मूल रूप से इस मामले में 11 लोग आरोपी थे; हालाँकि, अदालत ने अंततः 7 लोगों के खिलाफ आरोप तय किए।