हालांकि खेर ने यह भी कहा कि छात्रों को हड़ताल खत्म करके कक्षाओं में जाना चाहिए क्योंकि अध्यक्ष का सीधे तौर पर रोजमर्रा के कामकाज से कोई लेना-देना नहीं है। अनुपम खेर का यह रुख सरकार के लिए हैरानी भरा है क्योंकि खेर की पत्नी किरण खेर भारतीय जनता पार्टी की सांसद हैं और खुद खेर का झुकाव भी भाजपा की तरफ माना जाता है।
टीवी धारावाहिक महाभारत में युधिष्ठिर की भूमिका के लिए पहचाने जाने वाले गजेंद्र चौहान ने पिछले माह पुणे के इस संस्थान के अध्यक्ष का पद संभाला था। संस्थान के मौजूदा और पूर्व छात्र चौहान की नियुक्ति की आलोचना कर रहे हैं। एफटीआईआई के छात्र कक्षाओं का बहिष्कार कर रहे हैं और अकादमिक कार्यों में भाग नहीं ले रहे। छात्रों का आरोप है कि संस्थान की अध्यक्षता करने लायक कद और दृष्टिकोण चौहान के पास नहीं है।
अनुपम खेर ने गुरुवार को कहा, मुझे निजी तौर पर लगता है कि एफटीआईआई एक विशेष तरह की कला का प्रतिनिधित्व करता है। इसे निश्चित तौर पर एक ऐसा व्यक्ति चाहिए, जिसने बहुत काम किया हो। इसका अर्थ यह है कि वह वैश्विक सिनेमा को जानता हो और वह सिनेमा की मौजूदा विधाओं, जैसे कि संपादन आदि के बारे में जानता हो। निश्चित तौर पर एफटीआईआई को ऐसा व्यक्ति चाहिए, जो गजेंद्र जी की योग्यताओं से ज्यादा क्षमतावान हो। 60 वर्षीय अभिनेता ने कहा, निश्चित तौर पर मुझे नहीं लगता कि गजेंद्र जी एक निर्माता, निर्देशक या अभिनेता के तौर पर योग्य हैं। जब खेर से पूछा गया कि क्या इस सरकारी संस्थान को स्वायत्त संस्थान बना दिया जाना चाहिए, तो उन्होंने कहा, निश्चित तौर पर यह स्वायत्त संस्थान होना चाहिए।
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