हालांकि अभी इस बारे में आधिकारिक रूप से कुछ नहीं कहा गया है मगर सूत्र बताते हैं कि नाइक के खिलाफ यह दो आयामी कार्य योजना उनके भाषणों की जांच के बाद तैयार की गई है। नाइक पर आरोप है कि हाल के ढाका हमले में शामिल आतंकी जाकिर के भाषणों से प्रेरित हुए थे।
गृह मंत्रालय, कानूनी राय के साथ सेना और महाराष्ट्र सरकार ने मिलकर गैरकानूनी गतिविधि निरोधक अधिनियम (UAPA) के तहत नाइक पर जिहादी आतंकियों को अपने भाषणों से भड़काने का आरोप लगाने का फैसला लिया है। एक इंटेलिजेंस ऑफिसर ने बताया कि आतंकवाद के आरोप लगाने का पहला कारण पिछली कई आतंकी गतिविधियों में शामिल आतंकियों के बयान हैं जिन्होंने यह कबूल किया है कि नाइक के भाषणों ने उन्हें हिंसा के लिए प्रेरित किया था। ढाका हमले की जांच के समय विदेश में रहे नाइक ने आतंकी गतिविधियों के लिए भड़काने का आरोप लगने के बाद भारत न आने का मन बनाया है। सार्वजनिक भाषणों और गतिविधियों के माध्यम से धार्मिक समुदायों के बीच नफरत फैलाने के लिए जाकिर नाइक के एनजीओ को बैन करने का भी फैसला लिया है।