मीडिया में खबर आने के बाद इलाहाबाद प्रशासन ने सोमवार को कार्रवाई करते हुए स्कूल को सील करने की कार्यवाही शुरू की। प्रशासन के अधिकारियों ने बताया कि स्कूल अवैध रूप से चल रहा था। जिला प्रशासन ने तनाव के कारण इलाके में सुरक्षा भी बढ़ा दी है। अधिकारियों ने बताया कि बघारा इलाके के एम ए कॉन्वेंट स्कूल के प्रबंधक जिया उल हक पर राष्ट्रीय असम्मान अधिनियम के तहत मामला दर्ज किया गया है और उसे गिरफ्तार कर लिया गया है। अधिकारियों के अनुसार इस बात के लिए मजिस्ट्रेट जांच का आदेश दिया गया है कि कैसे इस विद्यालय को प्रशासन की मंजूरी के बगैर दो दशक तक चलने दिया गया। मजिस्ट्रेट जांच में प्रबंधक पर लगे आरोपों की भी जांच होगी।
भाजपा ने इस स्कूल के खिलाफ कड़ी कार्रवाई की मांग की है। विश्व हिंदू परिषद और हिंदू युवा वाहिनी ने 72 घंटे के अंदर इसे नहीं बंद नहीं किए जाने पर शनिवार से आंदोलन छेड़ने की धमकी दी थी। इलाहाबाद के पदेन जिलाधिकारी ए वैमसी ने कहा, शिक्षा विभाग से इस विद्यालय में दाखिला प्राप्त करीब 300 विद्यार्थियों को किसी अन्य विद्यालय में स्थानांतरित करने की व्यवस्था करने का अनुरोध किया गया है ताकि उनकी पढ़ाई प्रभावित न हो। इस मामले में शिक्षा विभाग ने प्राथमिकी दर्ज की है। यह मामला तब सामने आया है जब स्कूल के प्राचार्य समेत आठ शिक्षकों ने पिछले हफ्ते इस्तीफा दिया क्योंकि उन्हें आगामी स्वतंत्रता दिवस के दौरान राष्ट्रगान गाने की इजाजत नहीं मिली थी। हक ने अपने इस कदम का यह कहते हुए बचाव किया कि राष्ट्रगान में भारत भाग्य विधाता पद इस्लाम के मूल सिद्धांतों के विरूद्ध है।