दरअसल, 24 अप्रैल 2012 में जब शीना की हत्या हुई थी, उससे तीन साल पहले 2009 में इंद्राणी और पीटर ने आईएनएक्स मीडिया कंपनी बेची थी। इससे मिली राशि परिवार के अलग-अलग लोगों के खाते में डाले गए। इंद्राणी ने जब शीना के खाते से रुपये हस्तांतरित करना चाहा तो शीना ने आपत्ति की। पुलिस सूत्रों के मुताबिक, इसके बाद ही इंद्राणी ने अपने ड्राइवर श्याम और पूर्व पति संजीव खन्ना के साथ मिलकर बेटी की हत्या का फैसला किया। इंद्राणी की दूसरी आपत्ति बेटी का प्रेम संबंध पीटर के बेटे राहुल के साथ होने को लेकर थी, जिनके बीच सौतेले भाई-बहन का भी रिश्ता था। राहुल मुखर्जी से पूछताछ में कई खुलासे हुए हैं। राहुल ने पुलिस को बताया कि वह और शीना मुंबई के एक फ्लैट में एक साल तक साथ रहे थे। इंद्राणी इस रिश्ते से नाखुश थी और इसलिए उन्होंने शीना को विदेश भेज दिया। पीटर भी राहुल से खुश नहीं थे। इंद्राणी ने दो साल तक (2012 से 2014 तक) शीना के बारे में जानकारी छिपाए रखी। इंद्राणी के बेटे मिखाइल बोरा को भी शीना के बारे में कुछ पता नहीं था। मिखाइल ने तो यह दावा भी किया है कि उसे शीना की हत्या का कारण पता है, यदि इंद्राणी पुलिस को नहीं बताती है तो वह सब कुछ बताएंगे।
पुलिस आयुक्त राकेश मारिया ने बताया कि हत्याकांड के आरोपियों- इंद्राणी मुखर्जी, संजीव खन्ना और ड्राइवर को गिरफ्तार कर लिया गया है। पीटर मुखर्जी ने तो यहां तक कहा कि उन्हें शीना के बारे में नहीं पता था कि वह इंद्राणी की बेटी है ञ्चयोंकि इंद्राणी ने उनसे शीना का परिचय छोटी बहन के रूप में कराया था। पीटर की मानें तो उन्हें यह भी पता नहीं था कि इंद्राणी की कितनी शादियां हो चुकी हैं। हत्याकांड की गुत्थियां परत-दर-परत खुल रही हैं लेकिन पुलिस के लिए अब कुछ सवाल रहस्य ही बने हुए हैं जिनका खुलासा आरोपियों से पूछताछ से ही हो सकता है। दूसरे पति संजीव खन्ना ने हत्या में इंद्राणी की मदद ञ्चयों की, शीना का भाई मिखाइल तीन साल तक चुप क्यों रहा, क्या शीना का ई-मेल, फेसबुक अकाउंट और फोन नंबर इंद्राणी ही इस्तेमाल कर रही थी, राहुल का शीना से प्रेम संबंध कैसे प्रगाढ़ हुआ और हत्या की असल वजह क्या हो सकती है, ये सब कुछ ऐसे सवाल हैं जिन्हें सुलझाने के बाद ही पूरी तस्वीर साफ हो पाएगी। कुछ सवाल इस हत्याकांड में खुद को बेकसूर बता रहे पीटर मुखर्जी और राहुल मुखर्जी से भी जुड़े हैं। राहुल के साथ रहते हुए शीना ने कभी यह नहीं बताया होगा कि वह इंद्राणी की बेटी है? शादी के 13 साल होने के दौरान क्या पीटर कभी इंद्राणी के परिवारवालों से नहीं मिले होंगे? शीना के परिवार के अन्य सदस्य तीन साल तक यह क्यों सोचते रहे कि वह गायब हो चुकी है और यदि वह अमेरिका भी गई होगी तो उसने परिवारवालों से संपर्क क्यों नहीं किया? राहुल इस मामले को जोर-शोर से उठाने में लाचार ञ्चयों रहा, जबकि मां से मिलवाने के बाद ही शीना का कोई अता-पता नहीं था?
