एकनाथ खड़से पर घोटाले के कई सारे आरोप होने के साथ दाउद इब्राहिम से संबंध होने के संदेह पर विपक्ष ने उन पर अनुचित व्यवहार का आरोप लगाया था। इस सभी आरोपों के लेकर पार्टी का कहना था कि जांच कराई जाएगी। लेकिन इस बीच खड़से से अपना इस्तीफा सौंप दिया।
सूत्रों का कहना है कि परिवहन मंत्री नितिन गडकरी ने फोन पर एकनाथ खडसे से बात की और उन्हें समझाइश दी कि उन्हें पार्टी के बनाए नियमों को मानना चाहिए। इससे पहले देवेंद्र फणनवीस भारतीय जनता पार्टी के अध्यक्ष अमित शाह से मिले थे और कुछ तथ्य पार्टी अध्यक्ष को सौंपे थे। खडसे पर पुणे के पास बहुत मामूली कीमत में जमीन लेने के आरोप हैं।