बेहरे ने सुभाष वेलिंगकर को सही ठहराते हुए कहा कि उन्होंने गोवा में कार्य करने के लिए संघ को अपना सब कुछ समर्पित कर दिया है। उन्होंने कहा कि वेलिंगकर का आंदोलन क्षेत्रीय भाषा मंच के साथ भाजपा की अगुवाई वाली गोवा सरकार के खिलाफ था, जो सही था।
बेहरे ने अमित शाह के गोवा दौरे के दौरान उनको काले झंडे दिखाए जाने के संदर्भ में यह बात कही। दौरे में अमित शाह को काले झंडे सुभाष वेलिंगकर की अगुवाई में ही दिखाए गए थे।
बेहरे ने कहा, 'वेलिंगकर गोवा की समस्याओं की तरफ ध्यान खींचने के लिए झंडे दिखा रहे थे। अमित शाह को उनसे मिलना चाहिए और उनके मुद्दे को समझने की कोशिश करनी चाहिए। लेकिन शाह उनसे नहीं मिले। यह बिल्कुल सही नहीं है।' उन्होंने कहा कि शाह के प्रदर्शनकारियों सहित वेलिंगकर से नहीं मिलने से गोवा आरएसएस और भाजपा खेमे में दरार गहरी हो सकती है।
बेहरे गोवा में आरएसएस से 47 साल से ज्यादा समय से जुड़े हुए हैं। उन्होंने कई पदों पर संघ की जिम्मेदारियां संभाली हैं। शाह के गोवा दौरे के समय काले झंडे दिखाने को लेकर सुभाष वेलिंगकर को कुछ दिनों बाद अनौपचारिक रूप से बर्खास्त कर दिया गया। इसके बाद बेहरे को गोवा क्षेत्र का संघचालक नियुक्त किया गया है।