जेएनयू मामले पर अपनी ही पार्टी के रूख से अलग राय जताते हुए शत्रुघ्न ने कहा, उम्मीद और प्रार्थना करता हूं कि उसकी रिहाई जल्द हो, रिहाई जितनी जल्द हो, बेहतर है। अभिनेता से नेता बने शत्रुघ्न ने कहा कि कन्हैया ने कुछ भी राष्ट्र विरोधी नहीं कहा है। उन्होंने ट्विटर पर लिखा, अपने बिहार के लड़के जेएनयू छात्र संघ के अध्यक्ष कन्हैया के भाषण का मजमून सुना। उसने देश या संविधान के खिलाफ कुछ नहीं कहा। जेएनयू परिसर में पिछले हफ्ते अफजल गुरु की फांसी के विरोध में आयोजित कार्यक्रम के दौरान कथित देश विरोधी नारेबाजी के मामले में कन्हैया देशद्रोह के आरोप का सामना कर रहा है।
विवाद बढ़ने के बीच शत्रुघ्न ने भाजपा के कुछ नेताओं के इस दावे का भी विरोध किया कि प्रतिष्ठित विश्वविद्यालय राष्ट्र विरोधी गतिविधियों का गढ़ बन गया है। शत्रुघ्न ने कहा, जेएनयू भारत के कुछ सबसे प्रखर युवा मस्तिष्कों और सम्माननीय शिक्षकों के लिए ज्ञान का केंद्र रहा है। इसे आगे और शर्मिन्दगी से बचाइए। उन्होंने यह भी कहा कि जेएनयू विवाद से संबंधित किसी भी आरोप को ठोस सबूतों से पुष्ट किए जाने की आवश्यकता है। एक अन्य ट्वीट में पटना साहिब से भाजपा सांसदने कहा, यदि छात्र, शिक्षक या राजनीतिक नेता आरोप लगाते हैं तो उन्हें ठोस सबूतों के साथ इनको पुष्ट करने के लिए तैयार रहने की आवश्यकता है। उन्होंने कहा, जेएनयू राजनीतिक नेताओं को अच्छी तरह से ज्ञात कारणों की वजह से एक संकट से गुजर रहा है। यह अंतरराष्ट्रीय ख्याति, वांछनीय रिकॉर्ड के साथ ही ऐतिहासिक संस्थान है।
