अन्ना और केजरीवाल राजनीति में आने के सवाल पर ही अलग हुए थे। अन्ना ने कहा कि उन्होंने अरविंद केजरीवाल को पार्टी बनाते समय ही आप कार्यकर्ताओं के चरित्र और चाल पर ध्यान देने को कहा था लेकिन केजरीवाल ने उनकी बात नहीं सुनी।
अन्ना ने कहा, ‘’केजरीवाल ने मेरे अपेक्षाओ को भंग किया है मुझे लगता था कि आम आदमी पार्टी लोगो को नई उम्मीद देगी लेकीन जिस तरह उनके मंत्रियों पर आरोप लग रहे हैं उससे में बहुत दुखी हूं’’। अन्ना ने कहा, ‘’मैने पार्टी बनाते समय ही केजरीवाल को कहा था कि पार्टी के कार्यकर्ता का चरित्र अच्छा है या नहीं, यह किस प्रकार तय करोगे। लेकिन केजरीवाल ने मेरी सुनी नहीं। आज मैं देख रहा हूं कि मैंने जो बात कही थी वही सच हो रहा है। कोई भी पक्ष हो, पार्टी हो, अपने आदमी चारित्र शील हैं या नहीं है ये देखना जरूरी है’’।
सूत्रों के अनुसार अन्ना ने केजरीवाल की राजनीति को कभी पूरी तरह नहीं स्वीकारा। आप के एक नेेता ने कहा कि केजरीवाल जिस पार्टी की नींव रखकर पोस्टर बॉय बने थे, उसका पोस्टर बॉय अब संदीप कुमार बन गया है। अन्ना हजारे ने इसके लिए केजरीवाल को सीधा जिम्मेदार ठहरा दिया।
केजरीवाल ने बाकी नेताओं से अलग दिखने और आम आदमी पार्टी को बाकी पार्टियों से अलग बनाने के बड़े बड़े दावे किए। लेकिन जब उनकी सरकार में मंत्री रहते हुए संदीप कुमार की सेक्स सीडी सामने आई तो आम आदमी पार्टी के चरित्र पर सवाल उठने लगे। अन्ना ने भी आप के इस चरित्र को लेकर बड़ा हमला कर दिया है।