शाह ने कथित आरोप लगाया है कि विश्वविद्यालय को अल्पसंख्यक समुदाय के हाथों से छीनने का प्रयास हो रहा है, जिसे आपत्तिजनक बताते हुए गौतम ने शाह के इस्तीफे की मांग उठाई है। अलीगढ़ से लोकसभा सांसद गौतम ने शाह पर राजनीतिक खेल खेलने का आरोप मढ़ा है। उनका कहना है कि शाह राजनीति में शामिल होने के लिए स्वतंत्र हैं लेकिन उन्हें ऐसा करने से पहले कुलपति के पद से इस्तीफा देना चाहिए।
एएमयू परिसर में 23 अप्रैल को हुई हिंसा के बाद जनरल शाह ने खुले पत्र में कहा था कि इस हिंसा से संस्था को बड़ा झटका लगा है क्योंकि विरोधी पार्टियां एएमयू को उस समुदाय के हाथों से छीनने का प्रयास कर रही हैं, जिसने इस संस्था को स्थापित किया। पत्र सार्वजनिक होने के बाद गौतम ने शाह का इस्तीफा मांगा। संपर्क करने पर एएमयू के प्रवक्ता ने कहा कि शाह ने किसी व्यक्ति विशेष या पार्टी विशेष को दोषी नहीं ठहराया है।
उधर, फोरम फॉर मुस्लिम स्ट्डीज एंड एनालिसिस (एफएमएसए) के महासचिव जसीम मोहम्मद ने भाजपा के राष्ट्रीय अध्यक्ष अमित शाह को लिखे पत्र में कहा था कि गौतम एएमयू से जुड़े मुद्दों को लेकर लगातार विवाद पैदा कर रहे हैं। इस प्रकार वह एएमयू और मोदी सरकार के बीच संबंधों को खराब कर रहे हैं।
