साल 2008 के मालेगांव बम धमाका मामले में कुछ गवाहों के इकबालिया बयान यहां की विशेष मकोका अदालत से गायब बताए जा रहे हैं, जिससे अधिकारियों ने दस्तावेजों की तलाश शुरू कर दी है। यह मुद्दा इस हफ्ते की शुरूआत में तब सामने आया जब विशेष अदालत के कर्मियों ने पूर्व विशेष लोक अभियोजक रोहिणी सैलिएन से संपर्क कर जानना चाहा कि क्या इस मामले के कुछ गवाहों के इकबालिया बयानों वाले दस्तावेज उनके पास हैं।
केंद्र ने उच्चतम न्यायालय में आज इन आरोपों को खारिज किया कि बर्खास्त विशेष लोक अभियोजक रोहिणी सालियान को 2008 के मालेगांव विस्फोट मामले के आरोपियों पर नरम रुख अपनाने को कहा गया था। गृह मंत्रालय और राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) की ओर से पेश हुए अटॉर्नी जनरल मुकुल रोहतगी ने अदालत से कहा, मुख्य आरोप यह है कि अभियोजक से नरम रुख अपनाने को कहा गया था। मैंने खुद दस्तावेजों को देखा है। इसमें कोई सच्चाई नहीं है।
सन 2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में सुप्रीम कोर्ट ने साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को मकोका के आरोपों से बरी करते हुए निचली अदालत को एक माह के अंदर सभी आरोपियों की जमानत याचिका पर विचार करने का निर्देश दिया है।